南京什么时候叫“金陵”？为什么叫“金陵”？
公元前333年，楚国灭掉越国。当时受方士望气学说的影响，此处有“王气”，为防止日后有人在此称王，楚威王便在狮子山之东埋下金制小人以镇“王气”，号为“金陵”（意即金人之陵寝）。同时在石头山上筑城，取名“金陵邑”。金陵得名即始于此。
公元前210年秦始皇最后一次东巡南下途经金陵，陪同的术士见金陵四周地势险要，便对秦始皇说：五百年后金陵有王气。始皇听后龙颜大怒，当即派人凿断方山地脉，令淮水流贯金陵与长江汇合，以泄“王气”，金陵段淮水由此得名“秦淮河”。秦始皇觉得仅泄“王气”尚不能满足其传之万世的心愿，于是又下令将金陵改为秣陵。秣即草料，在秦始皇眼里，金陵只配作他的草料场。
到了三国时，孙权重筑石头城，后改称“建业”（取建立帝王万世功业之意），并迁都于此。这是南京作为都城的开始。
西晋太康三年（282年），改建业为建邺。
永嘉元年（307年）八王之乱后，司马睿听从王导建议迁镇到建邺。建兴元年（313年），因避愍帝“司马邺”讳，改建邺为建康，后来作为东晋王朝的都城，一直到南北朝时期都是都城所在。
从吴（三国）、东晋到南北朝之南国（宋、齐、梁、陈），这就是“六朝古都”之谓。
到了陈朝后主祯明三年正月，隋军破建康，俘虏陈后主，陈朝灭亡，隋文帝因有人占领称帝，下令将建康城夷为平地，摧毁六朝宫苑，在石头城置蒋州。（蒋州的得名源于蒋山。蒋山乃紫金山东吴时的名称。汉代，紫金山被风水先生说成“王气所钟之处”，于是便有了钟山之名。东吴时，为避孙权祖父孙钟之讳，以东汉末年战死在钟山的秣陵尉蒋子文之姓改名为蒋山。）
唐武德九年（626年），将设在石头城的行政机构州治“扬州”迁往江都（今扬州市），金陵先后称为“蒋州”和“杨州”。唐时南京曾用过丹阳、江宁、归化、白下和上元等名称。
唐朝乾元元年（758年），改江宁郡（今南京）为升州，不久即废。
唐朝光启三年（887年），复立升州。
北宋开宝八年（975年），北宋灭南唐，复改江宁府（今南京）为升州。天禧二年（1018年），复升州为江宁府。
南宋建炎三年（1129年）改称建康府作为宋朝行都，称“东都”，绍兴元年（1131年）改为留都。南宋时建康府仍为江南东路首府。
元朝时，江宁府改为集庆路。明朝时，又改江宁府为应天府，为明朝初期的首都，复称南京，是为南直隶。
清朝有又改称江宁府（天平天国期间，曾一度成为天国的“天京”），直到国民政府改回“南京”，后沿用至今。