我想申请劳动仲裁，在有单位拒绝支付加班费的证据的情况下我可以根据劳动合同法第三十八条解除劳动合同吗？
您既然已掌握了公司要求员工加班，却未能合理支付加班费的事实证据，现要申请劳动仲裁，这沒错，而且您的叙述是事实，在正当的前提下，申诉一般也能成功，执法部门也会保护您的合法权益。
但搞不懂的是为了这正当合法理由的愿望实现或者说用老话讲为打赢这场官司，而你为什么要采用劳动法第三十八条解除劳动合同呢？这样的说法即是你申诉成功，但自已不就是顾名思义自动离职（辞职）了吗？虽是成功讨回了公道，却由于主动辞职，而得不到应有的赔偿，你不是吃亏了吗？
申请劳动仲裁的目的是为了使老板合理支付加班费，而不是采取提出要解除劳动合同。退一步说，即是思想上想讨回公道后与老板会存在隔合而要分手的想法，一般也不要采取以上自身吃亏，主动要解除劳动合同的做法。
而是千方百计想方设法使老板来辞退你，这也叫解除劳动合同，但你不是主动的，而是被动的！那么你就可得到相应的赔偿金后走人。
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