清康熙十二年（1673年）十二月，一个月前平西王吴三桂在云南起兵反清、扬言要把“朱三太子”扶立登基的消息已经传到了京师（北京），导致城内人心浮动，惶惶不安，其中不少依旧心怀明朝的忠义之士准备借机在京师发动起义，以响应云南举兵之事。十二月二十一，京师人杨起隆自称“朱三太子”，在内城鼓楼西街召集属众黄吉、陈益等三十余人，并通过他们联络内城八旗下属仆役数百人，号称“中兴官兵”，改元“广德”，约定二十三日凌晨在内城放火为号，同时展开反清起事行动。

为了增强自身起兵行为的号召力和彰显正统性，杨起隆在下属的建议下，给已经去世近三十年的明思宗崇祯帝的皇太子朱慈烺上谥号“同天合道承明纯靖康文懿武神仁献孝悼皇帝”、上庙号“顺宗皇帝”，以此号召和团结各地其他反清人士，并获得他们的支持及认可。

但就在起事的前夜，黄吉、陈益的家主：正黄旗汉军承恩伯周全直得知了他们的计划，于是立即向正黄旗汉军都统祖承烈告急变。祖承烈连夜向大学士、兵部尚书明珠急报，明珠闻报后一面命正黄旗满洲都统图海、副都统觉罗吉哈礼率兵趁夜色突袭在周公直家暗中聚集的杨起隆等人，一面紧急入宫向康熙帝奏报城内有人举兵作乱。康熙帝得知城中有变后十分震惊、追加旨意给图海、觉罗吉哈、祖承烈等人，令他们务必全歼作乱者，同时下令关闭京师九门，缉拿杨起隆其他同党。

正在鼓楼西街准备举事的杨起隆等人遭到图海率领的清军突然袭击，猝不及防之下匆忙迎战，终因寡不敌众而落败，黄吉、陈益等人重伤被俘，杨起隆在部属的拼死掩护下突围而走，出城后辗转逃亡，最后藏匿于陕西凤翔。城内其他起事的杨起隆部众：“齐肩王”焦三、护驾指挥朱尚贤、阁老张大等数百人随后都被清军搜捕抓获。康熙帝在事件平息后下诏将此次抓捕的杨起隆同党全部处死，史书记载“获贼既多，斩头无地，以车满载出九门斩之，尸积如山，如是者八日。”

这场京师城内的反清起事旋起旋灭、不过两天就被清朝剿灭了，起事的人士也大都战死或者被俘后遭杀害。杨起隆本人在藏匿七年后，也于康熙十八年（1678）在时任抚远大将军图海的搜捕下于凤翔被捕，康熙十九年(1690)被解往京师处死。（也有一说，这个被杀者其实只是杨起隆的部下，真正的杨起隆自从当年逃出京师后就销声匿迹，不知所终了。）但是在这场微不足道的反清起义中，早已被人们淡忘许久的明思宗崇祯帝的皇太子朱慈烺，却因为自身身份的号召力，在去世近三十年后，被起事的杨起隆等人追谥为大明皇帝，得到了和祖先们同等待遇的“顺宗同天合道承明纯靖康文懿武神仁献孝悼皇帝”之谥号、庙号。他，就是后世人们知之甚少的“明顺宗”。

时间倒退四十四年，大明崇祯二年（1629年）二月初四，京师皇宫中传来喜讯：明思宗崇祯帝的皇后周氏为崇祯帝下嫡长子，这使得时年才十八岁的崇祯帝大喜过望，亲自为嫡长子赐名“慈烺”。然后下诏晓谕天下：“朕为帝王应天历而奉宗祧，首重元储。尤隆世嫡，朕以渺躬，嗣位丕基，祗念我皇祖皇考，集庆发祥，源深绪远。伫昌嗣续，仰慰治谋。兹荷上帝居歆，宗祊垂佑。二月初四日第一子生，系皇后周氏出，中闱开冢嫡之先。万国惬元良之祝。”以此表示自己获得嫡子的兴奋之情。

崇祯三年（1630年），皇长子朱慈烺刚刚一岁，崇祯帝即于南熏殿举行仪式，授予其皇太子金册金宝，并遣官祭告天地宗庙社稷，正式册立他为皇太子。这也是大明有史以来，第二个中宫皇后在位时所诞育的皇太子（广义上：仁宗、宣宗、英宗都是皇后所生的嫡子（英宗存疑），也先后都受封为皇太子。但是成祖徐皇后生仁宗时尚为燕王妃、仁宗张皇后生宣宗时身份是燕世子妃、宣宗孙皇后生英宗时为宣宗贵妃，都不是皇后的身份。大明真正意义上第一个由中宫皇后所出的皇太子，是武宗朱厚照，由孝宗张皇后在位中宫时所生。）

自一岁到八岁，皇太子朱慈烺一直随母亲周皇后居住在钟粹宫，崇祯帝因为国事繁忙，没有过多的时间来关注太子的成长和教育，直到崇祯十年（1637年），礼部官员上奏，称皇太子已满八岁，依祖制应出阁读书、以学习经义典籍，稳固国本。崇祯帝于是下诏，定于崇祯十一年（1638年）正月行冠礼。崇祯十一年（1638年）正月，皇太子正式行冠礼，二月出阁读书。冠礼典仪中，皇太子执玉圭见群臣，进止有度，不失尺寸，诸臣皆赞拜敬服。

皇太子出阁读书后，崇祯帝为其选派了礼部尚书姜逢元、詹事府詹事姚明恭、少詹事王铎、屈可伸为皇太子讲读侍班官。礼部侍郎方逢年、詹事府左谕德项煜、翰林院修撰刘理顺、编修吴伟业、杨廷麟、林增志为皇太子讲读官，让他们作为皇太子的老师和侍从官，教导其学习儒家经典，熟悉治理之道。如此多的忠正名臣汇集一处，作为东宫属官教导皇太子，可见崇祯帝对于皇太子朱慈烺的殷切期盼和寄予的厚望。

崇祯帝少年继位，自即位伊始就面临着内忧外患的局面，再加上他本人执政偏激拗执、刚愎严苛、对于文武诸臣也极度不信任，性格又猜忌多疑，致使大明朝政废弛、法令败坏，国家积重难返。同时因为崇祯帝举措失当、过于加重底层农民的负担，造成百姓生活困苦、民不聊生，只能铤而走险聚众造反，大明天下因此烽烟四起、农民起义层出不穷。再加上辽东后金政权也多次毁边墙入寇，使得大明国势内外交困、雪上加霜。

在国内农民军和辽东后金内外夹攻的严峻局势下，大明国势日渐颓败，崇祯帝经常处于左支右绌、焦头烂额的境地，不断地采取措施以图挽救时局，又不断地因为举措失当而接连受挫，朝政愈发糜烂不堪，大明社稷也在一步步的折腾中逐渐走向灭顶之灾。而身处其中的皇太子朱慈烺，年幼不谙世事，囿于身份特殊也不能直接出言规劝干涉父皇的施政方针，只能在东宫端本宫谨守门户一心读书，被动地迎来人生巨变。

崇祯十七年（1644年）正月，绵延了十余年的农民起义达到顶峰：农民军首领李自成于正月初一在西安正式称帝，建立大顺政权，改元永昌，开始公开和明朝分庭抗礼。二月，李自成亲率大军东征攻向京师，准备开始新一轮王朝更替过程。

经过一个月的作战，大顺军队击败或者迫降了沿途驻守明军，于三月十七抵达京师。三月十八，大顺军攻破京师外城，三月十九，内城也告破。困坐皇宫的崇祯帝在绝望中召集三个儿子：皇太子朱慈烺、皇三子定王朱慈炯、皇四子永王朱慈炤，让他们脱去华贵服饰，改穿平民衣服，然后由亲信太监分别送到外戚周家、田家处躲藏。之后崇祯帝命周皇后、袁贵妃自尽，并劝皇嫂懿安皇后（天启帝遗孀）自缢，再亲自挥刀将两个女儿砍杀（长平公主未死、昭仁公主死），自己则在太监王承恩的陪伴下自缢于煤山，大明王朝中枢至此覆灭。

而逃离皇宫的皇太子朱慈烺和定王朱慈炯、永王朱慈炤，还来不及逃到各自的母家，就被别有用心的人挟持，献给了刚刚入城的大顺军。攻克京师后的李自成面对这几个前朝皇子，还算是厚道，没有加害他们，并封朱慈烺为“宋王”，朱慈炯为“定安公”，朱慈炤为“永平公”，安置别院，妥为照顾。朱慈烺于是向李自成提出了“不可惊我祖宗陵寝、以礼葬我父皇母后、不可杀戮我百姓”等三项要求，李自成都一一照办。

崇祯十七年（1644年）四月，因宁远团练总兵吴三桂、山海关总兵高第等人拒不归顺，李自成亲率大军前往山海关，征讨吴三桂、高第，朱慈烺兄弟也被李自成带着一同前往，意图用他们的身份压服吴三桂等人。

但是在两军交战的激烈时刻，吴三桂暗中向驻扎在关外松山、杏山的清军（后金于崇祯九年（1636年）改国号清）剃发称臣，引清军入关助战，大顺军在一片石遭到预先埋伏的清军伏击，大败而归。随后清军在吴三桂的带领下大举入关，追击大顺军，李自成刚刚战败，军心涣散，不能抵挡，只得匆匆自退兵，撤离拿下还不到一个月的京师，返回陕西老家。

在一片兵荒马乱的局势中，朱慈烺、朱慈炯、朱慈炤兄弟竟然没有丧命于乱军中，而是奇迹般地摆脱了大顺军的监视和挟持，从山海关前线逃脱，各自逃命。但是三兄弟也因此走散，此后再也没有见面。

皇三子定王朱慈炯自山海关乱军中和兄弟们走散后，就此神秘失踪，从此再也没有他的任何消息，史书上也只留下“十七年、京师陷，不知所踪”的简单记载。但是他“朱三太子”的名号，却被后来众多反清复明义军反复使用，顺治八年（1651年）、康熙十二年（1673年）、康熙十九年(1680年)、康熙四十八年(1708年)、康熙六十年(1721年)、雍正七年(1729年)，甚至乾隆初年，都有各地义军以此名号举事，以对抗清朝，集聚人心。杨起隆在康熙十二年（1673年）于京师准备发动的起义，就是用的“朱三太子”旗号。

直到乾隆中期以后，因为按照年龄计算，“朱三太子”纵使还活着，也是超过百岁高龄的老者了，此后的反清义军们再举事时，才不再用他的名义作为行动的旗号，“朱三太子”这个名号才逐渐从人们的视线中消失，不再成为反清义军的号召力了。

皇四子永王朱慈炤，在崇祯十七年（1644年）的时候还是一个十二岁的懵懂少年。兵败一片石时，他趁乱逃走，被一个姓毛的大顺军将领收留。二人离开北方一路南逃到河南，在这里相依为命，并种了一年的地。顺治二年（1645年）初，清军南下进攻南明，抵达河南时在当地清查大顺军余部，毛姓将领不能继续在当地存身，只得告别朱慈炤逃往他处。临别前他嘱咐朱慈炤，不要留在河南，赶紧往南方逃亡藏身。

此后，少年朱慈炤孤身一人，历经艰辛流浪四方，顽强地挣扎着在乱世中存身。流亡中先后有凤阳的致仕给事中王乡绅、浙江余姚的胡乡绅得知他的身份后顾念圣恩，收留了朱慈炤。王乡绅给他改名“王士元”（即：原是王）朱慈焕，胡乡绅更是把女儿嫁给他，让漂泊多年的朱慈炤得以不再流浪，在余姚定居下来，以开设私塾教书为业。这样的平静日子，化名王士元的朱慈炤一过就是五十年，还先后有了六个儿子、三个女儿，还有了一个孙子，算是子孙满堂了。

康熙四十六年（1707年），清军击破了在浙江四明山区坚持抗清活动的张念一部（一念和尚），一念和尚被清军抓获。在严刑拷问之下朱慈焕，一念和尚透露了自己当年曾经到余姚寻到过化名王士元的崇祯帝第四子朱慈炤的消息。

得到口供后的清廷大吃一惊，康熙帝立即下令命江南地方官员严查搜捕，一定要把朱慈炤捉拿归案。事先得到消息，已经躲到长兴县的朱慈炤于是向全家人告知了自己保守了五十年的真实身份，并要大家赶快分头躲避。

康熙四十七年（1708年），躲藏在山东汶上县的朱慈炤还是被官府寻迹而至，最终被捕。康熙帝得到奏报后，直接下达诏令：“其虽无谋反事，但朱家父子不可有。”同时，为了混淆视听，证明这个被抓获的朱慈炤是假冒的，清朝君臣故意把朱慈炤和五弟朱慈焕调换排行，由三法司审讯并断案：“查王士元供系称前明庄烈帝第五子，而庄烈帝第五子朱慈焕已亡故于崇祯十四年。又遵旨传前明年老太监辨认，皆言不识。王士元确系假冒，依律应凌迟处死。”

就这样，朱慈炤和他的儿孙都被清朝以“假冒前明皇子”的罪名处死。而他死后，崇祯帝的子孙从世间彻底消失，再也没有任何留存。

而皇太子朱慈烺自山海关大战中脱险后，历尽艰辛才从混乱的战场逃回京师。此时京师已经落入清军之手，为了自保，他在京师隐居于忠心故主的中书舍人周元振家中半年之久，直到崇祯十七年（1644年）末，局势逐渐安定，朱慈烺才找到位于京师的外祖父周奎家，想避难于此。但周奎反而将其出卖，献给了清摄政王多尔衮。多尔衮既不想留着朱慈烺这个前朝皇太子，导致明朝旧臣依旧奉其为主，从而对已经入关的清朝统治中原造成不利；同时，他也不能公开将其杀害，那样则让清朝标榜的“为明朝报君父之仇”的说法破产。

为了解决这一难题，多尔衮使用了一箭双雕之计——他先指使降清的明朝宗室、晋王朱审烜以及原明朝内阁侍讲谢升出面和皇太子对质，然后故意上报说皇太子是假的，系歹人冒充。皇太子一一辩驳朱审烜、谢升不实之词，二人哑口无言、羞愧而退。多尔衮恼羞成怒，再命宫中侍奉太监、随驾锦衣卫等指证，凡言皇太子是真者皆下狱论罪，同时把京师中上疏痛斥朱审烜、谢升不忠不臣，请立皇太子为新君的诸多义民百姓诬陷为“乱民”，一同下狱。这样一来，再也没有人敢于说皇太子是真的了，多尔衮目的达到，于是将皇太子朱慈烺以“假冒皇太子、意图作乱”的罪名关押在狱中，严加看管。

顺治二年（1645年）正月初十，多尔衮将原先下狱的指认皇太子为真的内宫太监、锦衣卫军士及请立皇太子为新君的京师义民们全部处死。四月初六，有暂居京师的凤阳人氏张某联合生员杨某，孙某等，聚众举事，誓救皇太子于危难，但是事情泄露，张某等人俱被清军擒杀。为了以防万一及消除后患，顺治二年（1645年）四月初十，多尔衮下达密令，将拘押在大狱中的皇太子朱慈烺以“假冒太子”的罪名秘密绞死。皇太子朱慈烺遇难时年仅十七岁（实际十六）。

当初崇祯帝自尽殉国后，得到噩耗的南方明朝官员为了保持大明皇统延续，拥立崇祯帝的堂弟、福王朱由崧于崇祯十七年（1644年）五月十五在南京即位，即南明弘光帝。因为南北讯息断绝，弘光帝不知道皇太子朱慈烺兄弟三人在京师失陷后的情况，甚至以为他们都已经遇害，为了表示哀悼和自身的即位正统合法性，弘光帝在给殉国的崇祯帝追上谥号“绍天绎道刚明恪俭揆文奋武敦仁懋孝烈皇帝”、追上庙号思宗（后改为毅宗）之后，又给“遇难”的皇太子朱慈烺上谥号“献愍太子”，以示悼念和尊崇。

清顺治二年、南明弘光元年（1645年）五月，在南下清军的攻击中，弘光帝先是逃离南京投奔芜湖守将靖国公黄得功，然后被黄得功的手下总兵田雄、马得功杀害了黄得功后劫持擒获，献给追击而至的清兵，弘光政权覆灭。清顺治二年、南明弘光元年（1645年）闰六月二十八，坚持在浙东地区抗击清军的明宗室鲁王朱以海在浙东明朝官员的拥戴下就任监国，为了显示己方的正统，并和在福州称帝的另一宗室、唐王朱聿键相抗衡，朱以海尊奉崇祯帝一系，声称自己直接承袭崇祯帝的皇统，并追尊献愍太子朱慈烺为“悼皇帝”。这样，朱慈烺在身后得到了皇帝的名号。

如前文所述，朱慈烺遇害二十八年后，康熙十二年（1673年）十二月，杨起隆以“朱三太子”的名义在京师准备起事时，为了凝聚人心、鼓舞士气，于是给离世近三十年的大明“献愍太子”、“悼皇帝”朱慈烺进一步追谥，尊为“同天合道承明纯靖康文懿武神仁献孝悼皇帝”、上庙号“顺宗皇帝”，以此团结其他反清同仁并显示自己传承大明正统。虽然起义很快就失败了，杨起隆本人也在七年后被捕遭杀害，但是因为他们的敬奉和追尊，命运悲惨的朱慈烺在遇害多年后，终于得到了“明顺宗”的庙号，并流传于后世，这也算是对他的一种补偿和纪念吧。