人类基因组堪称一部言情小说史！
现代的言情小说都有一个重要的特点，矛盾对立。相爱的两个人如果一方豪出天际，另一方就会穷得叮当响；如果一方来自北方，另一方就来自南方；如果一方形象气质佳，另一方就会臭不要脸。家人反对，被迫秘恋，然后又各种机缘巧合地被发现。这种小说的书名往往是这样儿的：高冷的吾皇，霸道总裁爱上我，或者早期现代人流向穴居人的古老基因（人类基因组题材的小说可能没那么浪漫，但是剧情也还是很精彩的。）
遗传学禁恋
《自然》杂志刚发表了禁恋的后续情节，讲述了长达100，000年的浪漫故事，感人肺腑。虽然这篇文章的主要内容是遗传学和统计学，但也和其他言情小说一样深入探讨了爱情中的矛盾与对立。
当然，在遗传学故事中，对立的主要因素还是基因的差异。
女仆和贵妇抢男人，这才像是言情小说的标准戏码，对吧？但是遗传学必须重点关注人类基因的差异。虽然很多基因序列还不明了，还需要使用Illumina Miseq（一种测序仪器）进行测序，但是现在已知的基因变异位点也不少。本文讨论的则是一种线粒体基因，这种基因往往被用于分析不同群体之间的关系。线粒体基因变异对人体生理特征影响不大，但是通过分析不同群体之间的线粒体基因变异，我们就可以了解到人类在不同时期的迁徙方式。
当然也有一些基因差异比线粒体基因变异更为显而易见。例如，高矮的差异，肤色深浅的差异，额头与眉骨形状的差异。不过，如果两个人真心相爱，即便是在五万年前，这些差异也不算什么障碍，科学可以证明这一点。
现如今，不少人认为不同民族、部落和宗教派别之间充斥着不可调和的分歧，可能会带来种种危险。
五千年前，地球上有三大主要的人类物种，即现代人、穴居人和最近才发现的丹尼索瓦人（丹尼索瓦人与穴居人的关系更为紧密），这三大人种彼此差异较大，与之相比，东西方差异根本不算什么。
然而，对以上三类人种的基因组进行研究分析之后，科学家们还是无法解释其中的所有差异，也就是说，当时可能还存在至少一种其他的主要人种，或者尚未被发现的人类亚种。
我们共同生活在这个地球上，如果仅仅用“共存”一词来描述这种状态，未免有点不恰当。一直以来，我们都认为不同群体之间主要以作战的方式进行交流，然而最新的遗传学证据去促使我们去重新审视这种“共存”的本质。
Thag/Malcolm/Brad的故事
早前有人认为：大约200,000年前，现代人类与穴居人在非洲分道扬镳。一个穴居人，貌似叫Thag（穴居人最常用的名字就是Thag和Grog），他的邻居Malcolm，是个现代人。后来Thag离开非洲北上去了欧洲。
离两人生活年代最近的共同祖先是曾*N祖母Krog，生活在大约100,000年前（他们在非洲大草原上是邻居，但是我们现在假设他们并不经常见面）。Malcolm和Thag分开150,000年之后，现代人Malcolm的孙子Brad也离开了非洲。Brad在欧洲找到了Thag的孙子，还干掉了他，人类因此少了一个亚种。
然而，遗传学改写了这个故事结局。将穴居人的基因组测序结果与当代人类的基因组进行对比的结果表明，当代人类虽然是现代人的后裔，却携带了穴居人的DNA。
一般欧洲人体内大约有2.7%的基因来源于穴居人（我的是2.4%）。由此可见这个故事不能按照之前设定的结局发展，得改写成这样：现代人Brad在Thag的之后离开了非洲，Brad到达欧洲之后，并没有立即杀掉Thag，而是先娶了Thag的孙女，然后再干掉了Thag的孙子。
相爱相杀 物种融合
虽然听着有点残忍，但是这就是爱情啊。有些人可能会觉得不同种族之间的结合很荒谬，但是认为穴居人就这样被干掉了的观点更荒谬。
穴居人和现代人之间固然存在差异，但是这种差异还不会影响两个人相爱。这幅穴居人头像充分表明：史前人长得还不错。
随着时间的推移，故事情节也越来越复杂，为了衡量不同种族所携带的穴居人基因数量差异，最好以穴居人基因的多重混合度作为标准。
“基因混合”是人类遗传学家们对不同种族结合的委婉说法。一般而言，东亚人与穴居人的联系比欧洲人的更为紧密，最可能的原因是因为亚洲人中亚种结合的现象更为常见。Brad离开非洲的时候是往北走的，但是他的堂弟Li往东去了，还娶了Thag的孙女，Li的儿子又娶了Thag的曾孙女。所以Thag在欧洲和亚洲的孙子们都被干掉了。
本周发布的最新数据更有力地证明了亚种间的结合。同时对穴居人和多个现代种族进行基因组测序，对比的结果显示穴居人Thag在离开非洲之前就跟现代人Malcolm是表兄弟关系了。Thag北上的途中，没准就在在非洲周边（例如土耳其）找了一个现代人女朋友。谁知道呢。
目前已知的是，不仅欧洲人和亚洲人携带了穴居人基因，一些穴居人也携带了现代人基因。
在最近的研究中，我们发现一个来自西伯利亚的穴居人居然携带了现代人基因，而另两个欧洲穴居人则没有。这个发现表明现代人和穴居人在历史上可能有过几次交集，肯定不止一两次。
Thag/Malcolm/Brad的故事在深入研究基因序列的过程中可能会起到不小的作用，但是本人能力有限，还是把这个故事留给更会讲故事的人吧。毕竟，虽然数学通过比较个体基因组序列可以确定迁移率，但是它没有办法还原整段历史。