当年日本间谍在中国那么猖獗，清政府为什么不制止？
我是萨沙，我来回答。
这就是，满清没有现代军事意识的一个表现。
满清的土包子行为，从任何地方都能看出来。
大家听说过日本陆军中野军校吗？
这座军校不是用来打仗，就是日本陆军以情报工作与防谍、宣传、谋略等秘密作战相关事务为训练教育目标的军校。
说通俗点，中野军校就是培养特务的学校。
日本陆军对于中野军校非常重视，也发挥了巨大的作用。
比如持续游击近三十年的传奇老兵─日本陆军少尉小野田宽郎，就是中野学校毕业特工小队长。
同样道理，很多人说蒋介石乱搞特务机构，搞得国家乌烟瘴气。
实际上，蒋介石确实刚刚上台，就扶持戴笠搞了军统，之前还有中统。
事实证明，军统在抗战中发挥了巨大的作用，他们搞到无数情报，也暗杀了无数日伪要员，更有严密的反间谍行为。
如果没有军统的帮助，抗战还会更艰难的多。
日本也是如此。明治建军开始，日本就效仿欧美军队开始训练情报人员。
在还没有开战的时候，这些情报人员就潜伏进入可能的敌国，比如朝鲜、满清甚至俄国、英美等等。
到甲午战争开始，日本间谍机构已经相当成熟。
早在1884年，日本间谍组织“玄洋社”就已经正式进入中国上海。
到了1886年，甲午战争前日本在华最庞大的间谍机构乐善堂在汉口成立，总部设立在东京。
乐善堂在中国的北京、长沙、重庆、天津、福州等地建立了众多分支机构，组成了一个遍布中国主要城市的间谍网，并把触角伸展到中国的广大农村。
这个情报组织搜集一切有用的中国情报，比如：风土气候、人情风俗、农工商业、金融、运输、交通等，都是为了入侵做准备。
当然类似的特务机构还有很多。日清贸易研究所就是设置在上海，专业培养潜伏中国特务的机构。
当时满清几乎所有大城市，尤其是军港、军事重镇等都有日本特务或者收买的汉奸潜伏。
一说，连在中国卖淫的部分日本妓女，也是情报人员。
日本的情报工作非常成功，甚至连李鸿章本人都被监控。
日本陆军部的神尾光臣1894年奉命驻天津，专门监视李鸿章的行动。他通过收买李鸿章身边的人（包括李鸿章的外甥张士珩），对李的一举一动了如指掌。如李鸿章调船运送士兵和饷银、派北洋舰队护航等，神尾光臣都一清二楚。
连李鸿章都如此，其他军事情报可想而知。
几乎所有重要的满清军事机构的情报，都被日本掌握。
就连李鸿章去谈判马关条约，满清政府给他的上限都被日本掌握，最后日本就按照这个上限提了要求。
甲午战争爆发后不久，清军获得日军进攻山东半岛时携带的一张地图，上面村、路、炮台、营房、山、河、井、树都画得十分清楚、详细。而满清自己的地图，尚且没有如此准确。
自然，除了日本情报工作成功以外，还有土包子满清的无能。
当时满清，毫无情报意识。
满清真正的情报工作，还是慈禧太后死了以后才开始的。
而中国真正算得上情报机构，则是民国时期才成立。
满清对情报工作不了解，一些情报几乎是公开泄露给日本人的。
资料中这么写：甲午战争期间，当“高升”号运兵船停在塘沽码头时，码头区竟然没有进行警戒，一般闲人都可以自由来往，甚至竟有日本人“来往不绝，凡我船开行，彼即细为查探，非但常在码头逡巡，竟有下船在旁手持铅笔、洋簿，将所载物件逐一记数，竟无委员、巡丁驱逐”。