昆山的命运会是哪个，苏州昆山区or上海昆山区？
这本质上取决于中央政府的安排。短期内会维持目前的局面，长期来看划入苏州，撤市变区的可能性更大一些。
首先，行政区划调整，不是一个地方政府可以做决策的事情。原则上讲，只能省级政府向中央提出申请，报批成功之后再调整。上海市政府是没有权力单方面提出将昆山划入。而如果要这么做，必须由江苏省政府和上海市政府联合向中央报批，这种可能性是不存在。因为昆山每年为江苏提供大量的财政收入，江苏省政府没有必要把一个会下金蛋的鸡送给上海。上海就算有这种想法，也不可能单方面提出这种要求，因为中央政府也不会认可。虽然上海在中央政府那里的地位比较高，但并不意味着可以对周边省份予取予求。何况在建国初期的时候已经有一批县市划入了上海，那个时候恰好处于行政区划大调整阶段，上海以农产品生产保障的理由申请将江苏和浙江的部分县市划入，现在没有这样的机会，也没有这样的理由。那么中央政府会不会主动设想将昆山划给上海呢？这种可能性也是不存在的。原因很简单，上海的经济总量已经很大，人口也很多，把昆山划入之后，除了锦上添花以外，没有其他任何的作用。从中央政府决策的层面来看，也没有这种必要性。
其次，昆山保留目前的县级市身份，实际上是多方目前最能接受的局面。从江苏省政府层面来看，因为是县级市，江苏省政府对于昆山的管理强度，苏州市辖区的强度要更大一些。获得的财政收入也更多一些。苏州市政府靠着昆山这样的顶级强县，撑起了中国第一地级市的身份。撤市变区虽然对苏州来说是最好的，但是在省内层面上来讲，压力很大，尤其是苏州相对于南京有很大的经济优势。一旦撤市变区，南京的经济地位更加尴尬。此外，中国第二县级市江阴，迟迟不能撤市变区。如果昆山撤市变区，无锡肯定会要求江阴撤市变区。这很有可能又会引发新一轮城市格局的变动，牵一发而动全身，所以政府肯定会非常谨慎。避免省政府直接管理强县是苏州市政府最为现实的考虑，在这种情况下退一步，是可以接受的。作为上海来说，昆山保留县级市身份，享有更多的独立自主权，接触起来也更为方便。而如果转化为苏州的辖区，上海和昆山的接触就必须要经过苏州的批准，恐怕就不如以前那么顺畅。作为昆山本身来说，作为一个拥有相对更高自主权的县级市，对自身发展来说，也更好一些。
最后，从长远来看，撤市设区是城市发展的大趋势，尤其在长三角这样，经济高度发达的地区更是如此。目前的权力和利益平衡机制，并不具有长远性。苏州很明显有做大的意图。而随着相关城际铁路的建设，将有力的促进苏州城区版图的扩张。大概在10~15年之后，苏州和周边县市的主城区应该能够融合发展。也就是在这个期间之内，就会实现撤市变区。就目前情况来看，南京正在谋求行政区划变革，这个过程会早于苏州。随着南京对镇江的区划调整完成，南京在经济方面大体上能够和苏州追平的时候，苏州进行行政区划调整的压力就会大幅减少。而这本质上是江苏省内部事务，上海很难直接干预，而且没有特别明确的合理的理由。具体的时间不好说，但大体上在南京完成区划调整2~3年之内，昆山也会撤市变区。