古人类数量少又是近亲繁殖，为什么后代人类却越来越有智慧呢？
在现实生活中，就有两个绝佳的样本可以分析出这个问题：
一个是家族内部近亲结婚，200多年时间，人口越来越少，后代无论是在身体还是精神都存在巨大问题，最终断绝子嗣，导致家族覆灭的欧洲皇室哈布斯堡家族。
另外一个是在最近90年间，通过不断联姻，家族成员近亲结婚，把人数扩充到5000多人的沙特皇室。
这两个家族选择近亲结婚的原因只有一个，那就是防止王权旁落，通过内部不断的联姻，始终让最高的权力，掌握在家族的手中。
日本皇室也是近亲繁殖的重灾区
哈布斯堡家族哈布斯堡家族最显著的一个特点，就是长着一张长长的鞋拔子脸，被网友们称为：鞋拔子脸家族，家族成员辨识度很高，眼珠子鼓出来，地包天，上下嘴的牙齿合不到一起。
哈布斯堡家族在早期的时候成员众多，是一个庞大的家族，但是随着连续不断的近亲结婚，导致生出来的子女畸形，过早地夭折，人员数量也以近亲结婚为代价迅速减少。
当这个家族传到最后一代卡洛斯二世的时候，家族经过200年的近亲结婚，已经只剩下他一个男性成员了，但是遗憾的是，他失去了生育下一代的能力，最终这个家族也随着他的离去而最终灭亡。
卡洛斯二世
沙特王室近亲联姻沙特王室选择与哈布斯堡家族一样的方式，怕大权旁落，基本不与外界通婚，老国王伊本.沙特在1932年建国，到如今快90年时间，家族成员已经扩充到5000多人了，以目前沙特王室奢靡的生活方式，人口不加以限制，可以想象得到，下场估计跟明朝差不多。
老国王1953年死后，沙特开始实行独特的兄终弟及制，哥哥死后由第一顺位的弟弟接班，老沙特老当益壮，光儿子就有43个，由于独特的传位制度，儿子们又多，所以老国王的儿子们要么特别能熬，要么运气特别好，不然并不是每一个都有机会坐上宝座的位置。
沙特皇室成员
这些老国王的儿子中，很多还没有等到继承王位，便撒手人寰。那么他的后代们，在整个王室中便要弱上一头，怎么办呢？
只有寻找靠山，找靠山的办法从古至今，联姻都是一条好路子，而联姻的对象就是现有的国王或者其直系后代，还有就是下一代最有可能坐上王位的人。
至此就出现非常乱的一幕，表兄妹近亲结婚这算常规操作了，堂兄妹近亲结婚也比较常见，甚至还出现了叔辈娶侄女的情况出现，真不知道这辈分一乱，该怎么称呼了。
即便是这么近亲结婚，但是从媒体上看到的沙特王室成员，不仅长得漂亮，而且各个也很聪明（经常在美国大街撒钱，在美国人捡钱的过程中，就匍匐在他的脚下了）
从这可以看出，沙特的剧本走向好像与哈布斯堡家族有些不同，其近亲结婚还能生出优秀的后代，这是什么情况呢？
回到题主的问题，同样的道理，远古人类近亲繁殖，还能诞生后代也越来越有智慧，可以想象的是如果人类走哈布斯堡家族的路子，可能早就灭亡了，就不是智慧问题了。
王室公主
适者生存要弄明白这个问题，就不得不提到达尔文的《进化论》，进化论的核心思想是优胜劣汰，适者生存，不能适应环境的物种，或者违反自然法则的物种，都会如同筛子一样过滤掉。
如果理解了《进化论》的核心思想，也就能明白为何古人即便近亲结婚，也能诞生身体健康，而且充满智慧的后代。
为什么不能近亲结婚？其后果又是什么呢？
近亲结婚是最严重的后果，一方面是基因的单一性，缺少基因融合，一旦个体基因突变，对后代整体都造成很大的影响。
另一方面，两人都遗传了同一个祖先的基因，一旦这个祖先的基因有缺陷，或者有隐性基因遗传病。那么两个人结合后，诱发基因缺陷和遗传疾病的风险，将成倍地增加，导致后代出现残疾或者其他不健康的情况出现。
而近亲结婚并不是诞生的后代，就一定会出现缺陷，只是有一定的概率，而如果这两个人共同的祖先身体健康，基因里没有缺陷的话，他们后代不健康的风险又进一步缩小。根据现在遗传学的研究，现在人类共有一个Y染色体祖先，和共有一个线粒体的外祖母。
所以说，近亲结婚不一定会出现问题，但是出现问题的几率要大一些而已。
以沙特皇室为例，他们近亲结婚的难道全部是健康漂亮的后代，我看未必！他们只是想让你们看到，想让你们看到，这句话怎么解释呢？
如果沙特王室出生有身体缺陷，或者是智力低下的小孩，那么沙特王室一定会把这些有缺陷的小孩隐藏起来，不会让他们出现在公众面前，而出现在公众面前永远是那些健康漂亮的后代。
同样的道理，在古代近亲结婚，一定会出现有智力缺陷，或者身体有缺陷的小孩，根据进化论里的法则，在远古缺乏食物的时代，这些小孩在成长的过程中一定会被淘汰掉，等不到成年，更谈不上基因的延续了。
而留下来的一定是身体健康和智力正常的小孩，这些小孩有机会长大成人，就是现代人类的祖先了。
这就如同过滤器一样，在这个过程中，有些部落因为有隐性基因缺陷，会慢慢地淘汰掉，如同哈布斯堡家族一样，而健全的基因会慢慢延续下来。
当然远古人类的基因也不是始终在内部延续，通过抢夺还有争斗等方式，也会与其他部落的基因进行融合，在欧洲人的体内就有尼安德特人的基因。
所以，古人近亲繁殖，延续到现在的人类，在进化的过程中，筛选掉一批有基因缺陷的。另外一部分基因健全的，得以自身基因的强大得以延续，另外一些得以与外部基因融合得以延续了下来。